A Nutrição Funcional também engloba o conhecimento da fisiopatologia relacionada a esses desequilíbrios metabólicos, capazes de gerar alterações bioquímicas e, por fim, lesões nos diversos sistemas do organismo. 

Partindo do princípio que a maioria das patologias vem acompanhada por alterações da composição bioquímica do organismo, a Nutrição Funcional torna-se imprescindível para potencializar o restabelecimento do equilíbrio interno.